Родился 11 мая 1843 года и в 1856 году определен в Морской Кадетский Корпус, из которого был выпущен гардемарином в 4-й флотский экипаж, 4 мая 1863 года. Через 5 дней после этого, 9 мая 1863 года, Алексеев, на корвете "Варяг", отправился в первое свое кругосветное плавание, из которого вернулся лишь 2 июля 1867 года и на следующий же день, 3 июля, был произведен в лейтенанты. После двух лет службы на берегу Алексеев, 14 июня 1869 года, вновь отправился в плавание на клипере "Яхонт", под флагом контр-адмирала Бутакова, на этот раз в Средиземное море. В водах его и Атлантического океана Алексеев плавал почти непрерывно 9 лет на разных судах ("Жемчуг", фрегаты "Князь Пожарский" и "Светлана", шхуны "Соук-Су", "Псезуапе" и "Келасуры", корветы "Аскольд" и "Богатырь" и пароходы "Цимбрия" и "Jazo"), под командованием различных лиц (Геркена, Басаргина, Бутакова, Вел. Кн. Алексея Александровича, Тыртова, Григораша, Корнилова, Шафрова, Гриппенберга и Ломена).

 23 октября 1878 года Алексеев был командирован в Америку для принятия строившегося там нашего крейсера "Африка". Назначенный 18 ноября 1878 года командиром этого судна, Алесеев вошел с ним в состав эскадры генерал-адъютанта Лесовского, сосредоточившийся в водах Тихого океана на случай войны нашей с Китаем. Эта военно-политическая демонстрация удалась блестяще: война была предотвращена, и Алексеев мирно плавал с "Африкой" у берегов Северной Америки, в водах Атлантического океана, Немецкого и Балтийского морей до 23 июня 1879 года, причем за деятельное участие в тушении пожара на пароходе "Sutania" в Копенгагенском порте награжден был датским королем командорским крестом ордена Данеброга.

 Отдых в отечественных водах был непродолжителен, и 20 мая 1880 года Алексеев отправился с "Африкой" во второе свое кругосветное плавание. По возвращении из него 10 июня 1883 года Алексеев, как отлично зарекомендовавший себя морской офицер, был назначен в октябре того же года агентом нашего морского министерства во Франции. Там в это время строился наш крейсер "Адмирал Корнилов". Произведенный 13 апреля 1886 года в капитаны I ранга, Алексеев был назначен командиром этого судна, с оставлением в должности морского агента, в 1888 году принял его с верфи, привел в Россию и в следующем же году, 1 августа 1889 года, ушел с ним в заграничное плавание, продолжавшееся два года (по 19 августа 1891 года). По окончании его, произведенный в контр-адмиралы, Алексеев был назначен 1 января 1892 г. на должность помощника начальника Главного Морского Штаба. На этом посту он оставался 3 года и 1 января 1895 года был назначен начальником эскадры Тихого океана.

 Произведенный 13 апреля 1897 года в вице-адмиралы, Алексеев в августе того же года был назначен старшим флагманом Черноморской флотской дивизии. Между тем на Дальнем Востоке назревали чреватые последствиями события. 15 марта 1897 года занят был нами Квантун с Порт-Артуром. Событие это еще более обострило наши отношения с Японией, ставшие натянутыми со времени вмешательства России в распрю Китая с Японией из-за Кореи. В то же время занятие Киао-Чао Германией, а Вей-ха-вея Англией, явно подстрекавшей Японию к агрессивным действиям против нас, создавали сложную политическую обстановку, грозившую ежечасно конфликтами на почве возможного, казалось, в близком будущем раздела великой срединной империи. Во главе наших сил на новой окраине в это время нужно было поставить лицо, обладающее большим политическим тактом, широким государственным умом, личным авторитетом, знанием Дальнего Востока и твердой волей. Выбор пал на адмирала Алексеева, который Высочайшим приказом по морскому ведомству 19 августа 1899 года и был назначен главным начальником и командующим войсками Квантунской области и морскими силами в Тихом океане. 

 Произведенный 13 апреля 1897 года в вице-адмиралы, Алексеев в августе того же года был назначен старшим флагманом Черноморской флотской дивизии. Между тем на Дальнем Востоке назревали чреватые последствиями события. 15 марта 1897 года занят был нами Квантун с Порт-Артуром. Событие это еще более обострило наши отношения с Японией, ставшие натянутыми со времени вмешательства России в распрю Китая с Японией из-за Кореи. В то же время занятие Киао-Чао Германией, а Вей-ха-вея Англией, явно подстрекавшей Японию к агрессивным действиям против нас, создавали сложную политическую обстановку, грозившую ежечасно конфликтами на почве возможного, казалось, в близком будущем раздела великой срединной империи. Во главе наших сил на новой окраине в это время нужно было поставить лицо, обладающее большим политическим тактом, широким государственным умом, личным авторитетом, знанием Дальнего Востока и твердой волей. Выбор пал на адмирала Алексеева, который Высочайшим приказом по морскому ведомству 19 августа 1899 года и был назначен главным начальником и командующим войсками Квантунской области и морскими силами в Тихом океане. 

 Это назначение составило перелом в жизни и службе Алексеева: с палубы военного корабля, на которой они до сих пор протекали, он перешел на широкую арену государственной политической деятельности. Ближайшие же события оправдали этот выбор. В начале 1910 года в Китае вспыхнуло восстание "боксеров", направленное против иностранного вмешательства, грозившего целости и самостоятельному бытию страны. Фанатизм восставших, подогретый первоначальными успехами над отдельными европейцами, их маленькими поселениями и форпостами, увлек не только народные массы Китая, но склонил к содействию им и китайское правительство, сосредоточившее в окрестностях Пекина и Тяньцзиня значительную часть своих регулярных войск. Иностранные дипломатические миссии в Пекине были осаждены разъяренной чернью, и им с минуты на минуту грозила гибель. Единственный путь, по которому на выручку их могли быть двинуты войска, запирался кр. Таку, комендант которой явно склонялся на сторону боксеров, и укреплениями Тяньцзиня, уже захваченными ими. 

 Чтобы спасти положение, которое могло стать безнадежным для всех заинтересованных в Китае держав, надо было быстро принять надлежащее решение и энергично его осуществить. Прежде всего, надо было открыть себе путь через Таку, и потому Алексеев предъявил его коменданту ультиматум о передаче европейцам нескольких фортов, господствовавших над входом в реку Пейхо. Когда же это требование было им отвергнуто, Алексеев не побоялся взять на себя ответственность силой овладеть этими фортами и, склонив к тому адмиралов других иностранных эскадр, стоявших пред Таку, блистательно выполнил это в ночь с 3-го на 4-е июня 1900 года. 

 Этот первый успех произвел большое моральное впечатление и на китайцев, почуявших в "рыжих дьяволах" грозную силу и решимость бороться, и на европейцев, растерявшихся было пред неожиданно налетевшей грозой "от стен недвижного Китая". Через день после взятия Таку, 6 июня, Государем Императором возложено было на Алексеева главное руководство нашими военно-сухопутными и морскими силами, действовавшими в Печилийской провинции и в заливе того же названия. Возникало намерение объединить в лице Алексеева все разноплеменные войска, действовавшие против боксеров. Однако успехом они не увенчались, так как наше министерство иностранных дел признавало желательным, чтобы руководительство войсками разных наций, собранными в Печилийской провинции, принадлежало коллегиальному установлению с председателем, выбираемым по очереди. Но "война не конгресс" — и, конечно, на это никто не согласился. 

 В результате восторжествовала Германия, и для руководства военными операциями в Китае вызван был из Берлина ее фельдмаршал Вальдерзее. Однако он прибыл на театр военных действий уже после взятия Пекина, то есть тогда, когда кризис миновал, события шли к их логическому концу и восстание, подавленное в Тянь-цзине и Пекине, лишенное поддержки богдыхана и его правительства, постепенно гасло. События разыгрались быстрее, чем это можно было ожидать вначале, и этой спасительной быстротой они в значительной степени обязаны энергии Алексеева, проявившего себя искусным дипломатом и решительным военачальником. 

 После взятия Таку на очередь встало овладение Тянь-цзином. Посланный туда для спасения европейских концессий от разгрома наш 12-й Восточно-Сибирский стрелковый полк хотя и подоспел в Тянь-цзинь вовремя, но был там заперт сам полчищами боксеров и китайских регулярных войск, открыто примкнувших к восстанию. Нужна была быстрая энергичная выручка. Между тем среди союзников, стоявших под Тянь-цзином и не объединенных еще общим командованием, не было согласия, шли "местничество" и раздоры, лишавшие возможности планомерных действий. Тогда, в половине июня, под Тянь-цзин прибыл Алексеев и, не имея никаких официальных полномочий, только силой своего нравственного авторитета сумел объединить контингента иностранных держав под своим начальством и добился соглашения для совместной атаки Тянь-цзина. Она была произведена на рассвете 30 июня, под руководством Алексеева, который под огнем противника наблюдал за ходом боя с вала арсенала, и увенчалась успехом. Боксеры потеряли не только главный свой оплот в Печилийской провинции и хорошо оборудованную базу, но и моральный свой авторитет среди населения и регулярных войск. 

 Со взятием Тянь-цзина путь на Пекин, для выручки посольств и подавления мятежа в его очаге, был открыт. И на долю Алексеева выпали сложные заботы по подготовке этой экспедиции в сердце Китая. В ряду их была одна, весьма щекотливого свойства. Это — исправление и эксплуатация железно-дорожной линии Тонгку — Тянь-цзинь. Сперва это дело было поручено советом адмиралов американскому капитану Вице, но у последнего не было для этого достаточно средств, и работа шла очень медленно. С прибытием нашей ж.-д. полуроты работа пошла быстро и велась исключительно нами. Однако английский адмирал Сеймур потребовал передачи этой дороги обратно ее прежней администрации из англичан и китайцев. Цель требования была ясна. Тот, кто владел дорогой, влиял самым решительным образом на ход военных операций и подготовку их. Англичане же все время добивались этого преобладающего влияния. Алексеев с твердостью отклонил это требование, заявив, что в силу военных обстоятельств дорога должна быть в одних руках и у того, кто имеет больше средств для исправления, эксплуатации и охраны линии. Сеймур возражал, указывая, что англичане ожидают из Индии и войска, и инженеров, и специалистов. Так как те и другие могли прибыть не скоро, а наша ж.-д. полурота могла начать эксплуатацию дороги немедленно, то Алексеев потребовал категорически, чтобы она была немедленно передана в наше ведение, без чего немыслимо безопасное и правильное движение поездов при массовой перевозке войск. 

 На состоявшемся по этому вопросу совещании адмиралов Сеймур хотя и продолжал настаивать на своем прежнем требовании, но твердость поведения Алексеева и сила его доводов были столь внушительны, что совещание решило передать всю линию до окончания военного времени в наше ведение. Принимая во внимание крайнее разнообразие в численности контингентов держав, действовавших в Китае, различие целей, преследуемых правительствами этих держав, трудность объединить начальство над случайно собранными здесь войсками и опасаясь, что движение на Пекин может служить сигналом к восстанию всей страны, Алексеев считал эту операцию рискованной, осуществимой лишь при наличности 25-тысячного корпуса с осадным парком и полагал весьма важным для наших интересов найти возможность войти в переговоры с пекинским правительством для прекращения смуты и избежания бесполезного кровопролития. К тому же он считал Манчжурский театр военных действий более важным, чем Печилийский, так как на нем сосредоточивались непосредственно наши общие, а не случайные и частичные государственные интересы: укреплявшийся Порт-Артур, Китайско-Восточная железная дорога, русские поселения и русское влияние в арендованном крае. 

 Опасаясь за беззащитный еще Порт-Артур и Манчжурию, он принял на свою ответственность две серьезных меры. Во-первых, после многих случаев проявления враждебных к нам чувств со стороны властей соседнего Порт-Артуру города Цзинь-чжоу, опасаясь вредного влияния их на местное китайское население, А. упразднил автономию этого города, заняв его 14 июля русскими войсками, взорвав ворота города, переведя китайские власти в Артуре и начав укрепление Цзиньчжауской позиции. Во-вторых, для обеспечения спокойствия в Манчжурии он занял с боя Нью-Чжуан (Инкоу), бывший гнездом боксерского восстания, и ввел в нем русское управление. 

 Донося об этом в Санкт-Петербург, Алексеев сообщал, что "вынужденное и, может быть, преждевременное занятие Нью-Чжуана согласуется с нашими требованиями, ибо обеспечивает наш морской путь Порт-Артур — Нью-Чжуан, взамен железной дороге, ставшей в последнее время не совсем надежной коммуникационной линией, вследствие постоянных разливов и производимых на нее покушений мятежников". Вообще Алексеев зарекомендовал себя в этих чрезвычайных событиях искусным, настойчивым и твердым в достижении целей дипломатом, осторожным и дальновидным, но в то же время энергичным полководцем, не боявшимся ответственности за проявление инициативы. Между тем положение его было очень трудное. 

 Высочайшей волею на него и было возложено главное руководство нашими военными сухопутными и морскими силами, действовавшими на Печилийском театре войны, причем было выражено полное Монаршее доверие к его "высоким дарованиям, энергии и характеру", однако тогдашний генерал Куропаткин хотел играть роль главнокомандующего и из Санкт-Петербурга, путем всеподданнейших докладов и личных от себя директив и указаний, все время вмешивался в руководство Алексеевым военными операциями. Во всеподданнейшем докладе 30 июня 1900 года он признает "настоятельно необходимым определенно указать адмиралу Алексееву, что вверенные его командованию войска назначаются преимущественно для действий на главном в настоящее время Печилийском театре, с целью подготовки движения к Пекину и производства затем сего движения", и ходатайствует отправить Алексееву заготовленную уже в этом смысле депешу. Вмешательство это доходило до таких мелочей, что Алексееву из Санкт-Петербурга давались указания "безотлагательно выслать в Инкоу или иной пункт, по указанию инженера Гиршмана, 2 роты пехоты, два орудия... и взвод казаков" (депеша 14 июня, № 1678); "для взятия форта в Тянь-цзине и китайских батарей, а также для полного разгрома китайцев в окрестностях Тянь-цзина собрать силы не менее 12 батальонов, 3 батарей и части осадного парка с полевыми мортирами; приготовить штурмовые лестницы и материалы для перехода препятствий, особенно водяных рвов; необходимо дождаться саперов..." (депеша 29 июня, № 2105); "временное пребывание батальона в Бицзыво надо возможно сократить и притянуть этот батальон в гарнизон Порт-Артура..." (депеша 21 июня, № 2966); укрепление Цзинь-чжауской позиции признается мерой преждевременной (депеша 28 июля, № 3312) и так далее.

 Эти указания и советы были еще тем тягостны, что, будучи подаваемы издалека от театра войны, отличались неустойчивостью и часто опаздывали. Так, первоначально, под страхом возможности избиения европейцев в Пекине и все разраставшегося боксерского движения, с походом на Пекин очень спешили. Алексееву приказано было главной своей задачей считать подготовку "к энергичному наступлению к Пекину" (депеша от 1 июля, № 2223). Потом в Санкт-Петербурге несколько успокоились, и 25 июля движение на Пекин разрешено было лишь до Янцуня, где надлежало заняться исправлением железно-дорожного пути и ждать особого Высочайшего повеления и окончания периода дождей. Получив же донесение генерала Линевича, что погода отличная, что дух китайских войск подорван, что положение посольств в Пекине продолжает быть тяжелым и все начальники союз. войск стремятся к скорейшему их освобождению, генерал Куропаткин 2 августа представил всеподданнейший доклад о том, что "задержка движения к Пекину войск союзных государств при полной к тому возможности по состоянию погоды, состоянию дорог и, главное, по расстройству противника и только в видах ожидания приезда фельдмаршала Вальдерзее, представляется опасной", почему испрашивал разрешения предоставить генералу Линевичу, непосредственно начальствовавшему нашими войсками на Печилийском театре, свободу действий в зависимости от обстановки. 

 Высочайшее соизволение на это было получено, и в этом смысле были посланы срочные депеши Линевичу и Алексееву. Но они опоздали. Пекин был взят союзными войсками еще накануне этого всеподданнейшего доклада. Алексеев хотя и считал движение на Пекин рискованным, как это сказано выше, но, получив указание считать своей первой задачей подготовку к энергичному движению к Пекину, свято его выполнил, и союзные войска уже 27 июля были в Хэ-си-у. "В отношении столь быстрого открытия действий, — доносил он в СПб. в тот самый день, 1 авг., когда получено им было приказание далее Ян-цуня не идти, — мною с самого начала уже неоднократно были даны генералу Линевичу указания принять все зависящие от него меры, чтобы побудить союзников отказаться от чрезмерной поспешности, но в то же время я не считал себя вправе выделять наш отряд из общего движения на Пекин, если таковое было решено большинством иностранных начальников..." Таким образом, и в этом случае Алексеев действовал весьма тактично: осторожно, но с инициативой. 

 То же самое произошло в отношении Инкоу. 3-го и 23-го июля Алексееву было сообщено, что в направлении далее. Инкоу наших действий развивать в Манчжурии не следует и чтобы поэтому отряд генерала Флейшера до прихода подкреплений из Европ. России не уходил далее линии Инкоу — Дашичао (депеши № 2255 и 3037). Но последнее, конкретное указание было получено А-вым, когда движение Флейшера к Хайчену уже началось (депеша А-ва м-ру 30 июля, № 168); пришлось послать Флейшеру приказание приостановиться, если этот город им еще не занят. Между тем А. лично находил овладение Хайченом, находящимся всего лишь в 30 километрах от Дашичао, крайне необходимым (его депеша от 25 июля). Понятно, как при таких условиях было трудно Алексееву руководить военными действиями. Вероятно, в силу этого, закончив подготовку похода на Пекин и имея в виду, что командование Печилийским отрядом по Высочайшему повелению вверено "опытному боевому генералу" (Линевичу), Алексеев полагал, что в дальнейшем его присутствии на Печилийском театре нет особой надобности, и просил о разрешении ему вернуться в Порт-Артур. Так как это было предоставлено его "усмотрению" (депеша генерала Куропаткина от 27 июля), то Алексеев остался в Печили и 7 сентября непосредственно руководил атакой фортов у Бейтана, устроенных в 15 километрах к северу от Таку и представлявших важную фланговую позицию китайцев по отношению к путям сообщения между Таку и Тянь-цзином. Этим и последующим затем занятием другого важного стратегического пункта.

 Шанхай-Гуаня с железно-дорожной линией того же наименования собственно и закончились действия наших и иностранных войск на Печилийском театре войны. Центр их тяжести перенесся в Манчжурию, где ими руководил генерал Гродеков. В воздаяние плодотворных трудов по Квантунской области и за отличное руководительство нашими войсками в тяжелую годину беспорядков в Китае, Алексеев был назначен генерал-адъютантом к Его Императорскому Величеству (6 мая 1901 г.) и пожалован орденом Белого Орла с мечами (1 янв. 1901 г. — за Бейтан) и золотой, бриллиантами украшенной саблей, на которой Государь Император, при подписании грамоты на нее, изволил заменить надпись "За победы на Печилийском театре, 1900 года" словами: "Таку, Тяньцзин, Пекин, 1900 год".

 В том же 1901 году Алексееву был пожалован президентом французской республики — орден Почетного Легиона Большого Офицер. Креста, в 1902 году — королем прусским, императором германским — орден Красного Орла 1 степени с мечами, а королем Бельгийским — орден Леопольда Болын. Офицер. Креста; в 1903 году — королем итальянским — орден святого Маврикия и Лазаря Большого Креста, а императором Кореи — орден Тайкак, 1 степ. — 6-го апреля 1903 года Алексеев был произведен в адмиралы с оставлением в звании генерал-адъютанта, а 30 июля того же года — назначен наместником Его Императорского Величества на Д. Востоке, хотя в официально представленных им мнениях и заключениях на проекты управления областями Дальнего Востока он неоднократно и решительно высказывался против учреждения там наместничества и просил, в случае, если таковое будет учреждено, отозвать его с Дальнего Востока. 

 На этом посту Алексеева застала в 1904 году русско-японская война, в которой ему пришлось играть страдательную роль, ибо общественное мнение России, не подготовленное к войне правящими сферами, возложило на него ответственность не только за ее возникновение, но и за нашу неподготовленность к ней, в качестве же главнокомандующего он оказался лишенным всей полноты власти в руководстве военными операциями, вследствие назначения ему "самостоятельного помощника" в лице генерала Куропаткина, занимавшего до тех пор пост военного министра. 

 По документальным данным, роль Алексеева в военных событиях 1904 года представляется в следующем виде. Когда в июле 1903 года японское правительство обратилось к нашему с предложением пересмотреть существующие договоры наши как с Японией, так с Китаем и Кореей, и представило проект их изменений, направленный к созданию полного господства Японии в Корее и к вытеснению России не только из этой страны, но и из Манчжурии, Алексееву, по Высочайшему повелению, поручено было, совместно с нашим тогдашним посланником в Токио, рассмотреть этот проект и составить проект русских ответных предложений для представления таковых на Высочайшее благовоззрение. 

 Выполняя это поручение, Алексеев исходил из следующих оснований: не допускать вмешательства Японии в манчжурские дела, обеспечить свободу плавания русских судов вдоль корейских берегов, воспрепятствовать образованию из корейской территории стратегической базы для враждебных против России действий Японии, во всем же остальном предоставить ей широкие права в Корее. Составленный на этих основаниях ответ нашего правительства, как известно, не удовлетворил Японию, и в октябре 1903 года она представила второй проект соглашения, рассмотрение которого, по Высочайшему повелению, опять было поручено Алексееву с указанием установить примирительную формулу, "отнюдь не отказываясь от основных наших требований". 

 5 ноября 1903 года Алексеев представил министру иностранных дел второй проект соглашения, причем высказал, что "необходимо теперь же остановиться на тех последствиях, которые могут произойти в случае отказа Японии принять наш проект". Основываясь на энергичной деятельности Японии в Пекине и Сеуле, направленной против России при сочувствии и поддержке Англии и Америки, а также принимая в расчет непрекращающиеся приготовления Японии к усилению ее боевой готовности, Алексеев высказывал предположение, что неприятие Японией наших предложений может сопровождаться не только занятием Кореи, как предполагалось прежде, но и обращением к нам по манчжурскому вопросу в согласии с Китаем. Ввиду возможности такого исхода переговоров он предлагал замедлить передачу нашего проекта, "дабы иметь время привести в исполнение некоторые уже начатые мероприятия, направленные к усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке, что, в свою очередь, окажет влияние на японскую притязательность".

 После некоторых изменений в Санкт-Петербурге проект был передан японскому правительству 20 ноября и, как предвидел Алексеев, не удовлетворил Японию, которая, не выжидая уже результатов дальнейших переговоров, перешла от слов к делу. 24 декабря 1903 года Алексеев телеграфировал в Санкт-Петербург о целом ряде мероприятий японцев, свидетельствовавших об их намерениях занять Корею и установить над нею протекторат. Придавая этому готовившемуся событию значение большой и серьезной опасности для нас в военном отношении, Алексеев, "не с целью вызвать вооруженное столкновение, а исключительно в видах необходимой самообороны" предлагал принять ряд предохранительных мер, направленных к поддержанию равновесия в стратегическом положении сторон, нарушаемом оккупацией Кореи: или, 1-е, объявить мобилизацию в войсках Дальнего Востока и Сибири, ввести в Манчжурии военное положение для удержания страны в спокойствии, обеспечения целости Китайско-Восточной железной дороги и подготовки сосредоточения войск и занять войсками нижнее течение Ялу; или, 2-ое, довести до военного состава и начать перевозку в Иркутск 2 армейских корпусов, предназначенных для усиления войск Дальнего Востока, одновременно с сим принять меры по подготовке мобилизации остальных подкреплений и объявить на военном положении Манчжурию и приморские крепости (П.Артур и Владивосток) для немедленного приведения последних в полную боевую готовность. 

 В ответ на эти предложения Алексеев получил 30 декабря 1903 года через военного министра следующие указания: с началом высадки японцев в Корее 1) объявить П.-Артур и Владивосток на военном положении; 2) приготовиться к мобилизации и 3) приготовить к выдвижению на корейскую границу отряды для прикрытия сосредоточения наших войск в Южной Манчжурии. Вместе с тем ему указывалось принять все меры к тому, чтобы на корейской границе не произошло каких-либо столкновений, которые могли бы сделать войну неизбежной. В целях во что бы то ни стало избежать разрыва с Японией в Санкт-Петербурге решено было "насколько возможно продолжать обмен взглядов с токийским кабинетом", и посему через Алексеева отправлен был в Токио третий по счету наш проект соглашения с Японией. Ознакомившись с ним, Алексеев тотчас же, 20 января 1904 года, телеграфировал в Санкт-Петербург, что "непрекращающиеся военные приготовления Японии достигли уже почти крайнего предела, составляя для нас прямую угрозу", и потому "принятие самых решительных мер с нашей стороны для усиления боевой готовности войск на Дальнем Востоке не только необходимо в целях самообороны, но, может быть, послужит последним средством избежать войны, внушая Японии опасения за благоприятный для нее исход столкновения". Поэтому он полагал необходимым тотчас же объявить мобилизацию войск Дальнего Востока и Сибири, подвезти войска к району сосредоточения и решительными действиями нашего флота воспротивиться высадке японских войск в Чемульпо. 

 В ожидании скорого ответа на эти насущные запросы Алексеев вывел порт-артурскую эскадру на внешний рейд, дабы по получении согласия на свои предложения, не теряя ни минуты, двинуть флот наш к берегам Кореи. Однако ответ на них адмирал Алексеев получил из Санкт-Петербурга лишь 27 января, когда японцы начали уже военные действия и бомбардировали Порт-Артур; 24-го же января им была получена из министерства иностранных дел депеша лишь с извещением о разрыве дипломатических сношений с Японией. Не содержа никаких практических, реальных указаний, как надлежит трактовать этот факт и что следует делать, депеша говорила лишь о том, что ответственность за последствия, могущие произойти от перерыва дипломатических сношений, остается на Японии. При таких условиях и имея в виду ясно выраженное Государем горячее желание Его "избавить Россию от ужасов войны", адмирал Алексеев лишен был возможности что-либо предпринять и должен был проявить крайнюю осторожность в своих действиях, чтобы посылкой эскадры к Корейским берегам не повести к вооруженному столкновению с Японией, которого в Санкт-Петербурге избегали до самого последнего момента. 

 Такое отношение Алексеева к депеше министерства иностранных дел, полученной им 25 января, нашло себе затем подтверждение в правительстве сообщении о разрыве дипломатических сношений, успокоительно заявлявшем, что таковой не означает еще начала войны. В общем роль Алексеев в ходе переговоров с Японией ограничилась лишь совещательным участием его в них и ролью передаточной инстанции дипломатических бумаг, которыми наше министерство иностранных дел обменивалось со своим представителем в Токио и с токийским кабинетом. По существу же представления, сделанные адмиралом в Санкт-Петербурге, проникнуты были духом твердого, энергичного отпора притязаниям Японии на Манчжурию, деятельной военной подготовки к возможным с ее стороны агрессивным действиям и к захвату в них инициативы. Вера в благоприятное "разрешение кризиса", царившая в Санкт-Петербурге, сделала также то, что все мероприятия по усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке осуществлялись крайне экономно, не спеша, без сознания их крайней необходимости и неотложности. Имея в виду неравенство в условиях мобилизации России и Японии и тревожное положение политических дел уже летом 1903 года, адмирал Алексеев считал необходимым иметь всегда под рукой не менее 50 тысяч войск и для этого сформировать новых 44 батальона пехоты, соответственно сему увеличить количество кавалерии и артиллерии, усилить гарнизон Порт-Артура, приблизить войска к району сосредоточения армии и придать им новую, "стратегическую организацию". Но уже на совещаниях, происходивших в Порт-Артуре в июне 1903 года, под председательством военного министра, Куропаткина, все эти пожелания подверглись сокращению: вместо 44 батальонов предположено было сформировать лишь 22, а формирование особого Квантунского армейского корпуса признано было и вовсе ненужным. 

 В октябре же 1903 года адмиралу Алексееву предложено было отказаться от одного из 2 армейских корпусов, предназначенных к перевозке в Манчжурию в случае войны, а когда он на это не согласился, то число формируемых батальонов было сокращено с 22 до 18, формирование 9 Восточно-Сибирской стрелковой бригады предположено было сделать путем выделения батальонов из состава других Восточно-Сибирских стрелковых бригад и отложено до весны 1904 года. Сокращены были также испрашивавшиеся Алексеевым кредиты; вместо 12 миллионов рублей единовременно и 17 миллионов в течение 5 лет, Особое Совещание под председательством Сольского признало более целесообразным "Предусмотреть потребности воен. ведомства лишь на ближайшее время" и потому ассигновало на усиление обороны Дальнего Востока на истекавший 1903 и предстоявший 1904 год сверхсметным кредитом — по 3 миллиона рублей, а на 1905 год — 6 миллионов руб. Несмотря на все тревожные для мира признаки, Алексееву только в первых числах января 1904 года разрешено было расходовать этот 3-миллионный кредит... 

 Такое же отношение встречали в Санкт-Петербурге и требования Алексеева относительно усиления боевой готовности Тихоокеанской эскадры. Еще за два года до войны начальник ее доносил об огромном некомплекте в личном составе эскадры, но последний так и не был пополнен к началу войны; пополнение некомплекта снарядов к орудиям эскадры производилось крайне медленно и несообразно положению вещей. С огромной канцелярской волокитой производилось создание на месте средств, необходимых для починки судов. Так, в течение 3 лет не мог быть утвержден план устройства порта в Порт-Артуре, и он переходил из одной финансовой или технической комиссии в другую, между тем как в Дальнем порт вырос быстро и министерство финансов не пожалело на него денежных затрат. К постройке сухого дока в Порт-Артуре можно было приступить лишь в начале 1903 года, и также после неоднократных напоминаний и ходатайств. По соображениям экономическим для эскадры было введено положение так называемого "вооруженного резерва", сократившее кредиты на плавание и практическую стрельбу. Таким образом, нося громкий и ответственный титул "Наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке", Алексеев, в действительности, вследствие междуведомственной розни трех министерств, имевших непосредственное отношение к делам далекой окраины, и бюрократической централизации управления ею, лишен был и в этом отношении реальной полноты власти. Высочайшим указом Правительства Сенату, данным 28 января 1904 года, адмиралу Алексееву предоставлены были "для объединения действий военно-сухопутных и морских сил, сосредоточиваемых на Дальнем Востоке", права главнокомандующего армиями и флотом, а 12 февр. последовало назначение командующим Манчжурской армией  Куропаткина, как "самостоятельного и ответственного начальника".

 Создалось двоевластие, пагубность которого увеличивалась тем, что, обладая разными темпераментами, главнокомандующий и командующий армией разно смотрели на характер ведения войны. Алексеев с самого начала ее заявил себя сторонником активного образа действий и стремился захватить инициативу их. Так, когда генерал Линевич, командовавший Манчжурской армией до приезда генерала Куропаткина, опасаясь лишиться конницы, остановил движение конного отряда генерала Мищенко в глубь Кореи и отвел его к Ялу, Алексеев, не разделяя этих опасений и узнав о потере соприкосновения с противником, приказал Линевичу немедленно двинуть конный отряд вперед и предписал ему более решительный образ действий. Но с прибытием к армии генерала Куропаткина отряд был снова отведен назад. В то время как командующий армией предписывал генералу Засуличу всеми мерами избегать решительного боя на Ялу и вообще не считать возможным, да и нужным, противодействовать высадке японских армий на Квантун, находя, что "чем дальше проникнут японцы в Манчжурию, тем лучше", Алексеев признавал необходимым решительно им в этом противодействовать. Далее, сильно озабочиваясь участью Порт-Артура, покинутого им только в силу Высочайшего повеления и в самый последний момент свободного сообщения крепости с внешним миром, Алексеев еще 8 мая, до взятия японцами цзиньчжоуской позиции, указывал генералу Курвпаткину, что "наступила минута для решительных действий" в целях спасения крепости. Его настойчивые домогательства их завершились, наконец, тем, что генерал Куропаткин двинул к югу отряд генерала Штакельберга, но со значительной потерей времени и не в том составе, как это было ему предписано Алексеевым (32 батальона вместо 48). 

 Наступление велось не энергично и закончилось у Вафангоу, где армия Оку нанесла отряду генерала Штакельберга поражение 1-го и 2-го июня. Неудача эта не поколебала, однако, наступательных тенденций Алексеева, и он уже 7-го числа того же месяца предложил генералу Куропаткину перейти в наступление против армии Куроки и 12-го числа повторил это предложение. Командующий Манчжурской армией ответил на эти предложения уклончиво и в наступление не перешел. Инициатива действий снова осталась в руках Ойямы, который, начав 11-го июня общее всеми японскими армиями наступление к Ляоляну, уже к 15-му числу оттеснил наши отряды за Феншуйлинский хребет, хорошо укрывший от нас расположение противника, группировку его сил и его передвижения. Считая, что единственным выходом из этого опасного положения было вернуть себе инициативу действий немедленным переходом в наступление и что для этого мы имеет достаточные силы (131 батальон), Алексеев 28 июня в третий раз предложил генералу Куропаткину, не ожидая нападения с востока, самому атаковать Куроки. Командующий армией и на этот раз отклонил его предложение, считая силы свои слишком слабыми. Между тем Куроки 6 июля занял Сихеян и, открыв себе путь к Мукдену, в обход Ляолянских позиций, еще более ухудшил положение нашей армии. Тогда, для убеждения генерала Куропаткина в необходимости перейти к активному образу действий, Алексеев вызвал его 7 июля в Мукден на совещание, в результате которого было решено, удерживая наши позиции против армий Оку и Нодзу, начать наступление против Куроки. Однако и это решение не было приведено Куропаткиным в исполнение. 

 Отправившись в расположение войск Восточной группы, чтобы лично руководить ими в наступлении, генерал Куропаткин не только не перешел в таковое, но в то же самое время, после победоносной обороны войсками южной группы позиций у Дашичао, приказал таковые очистить, вопреки мнению Алексеева, признававшего необходимым, во что бы то ни стало, удерживать за нами Дашичао-Инкоу. Все дальнейшие настояния Алексеева, чтобы решение, принятое совместно на совещании 7 июля, было выполнено, не достигли цели, и генерал Куропаткин отводил наши войска с одной позиции на другую к Ляоляну. 

 Считая при таких условиях невозможным нести долее ответственность за наши неуспехи, Алексеев стал просить о сложении с него обязанностей главнокомандующего. 12 октября 1904 года последовал на его имя Высочайший рескрипт следующего содержания: "Евгений Иванович! С сожалением уступая настойчивым просьбам вашим об освобождении вас от обязанностей главнокомандующего вооруженными силами Моими на Дальнем Востоке, Я выражаю вам Мою искреннюю признательность за все ваши многосложные труды по формированию войсковых частей наместничества, по сосредоточению их в районе военных действий и за высшее руководство вооруженными силами на Дальнем Востоке в тяжелый начальный период войны. Пребываю к вам неизменно благосклонный и благодарный Николай". 

 12 ноября того же года на имя А. последовал новый всемилостивейший рескрипт, в котором деятельность его и личные боевые заслуги получили следующую высокомилостивую оценку: «Евгений Иванович. Освободив вас, согласно вашему желанию, от обязанностей главнокомандующего сухопутными и морскими вооруженными силами, действующими против Японии, Я с удовольствием вспоминаю заслуги ваши на Дальнем Востоке, как во время китайских событий в 1900 г., так и при настоящих военных действиях с Японией, причем вы своей благоразумной деятельностью вполне оправдали Мое к вам доверие. После несчастного случая с броненосцем "Петропавловск", на котором погиб командовавший флотом вице-адмирал Макаров, вы, вступив, по Моему повелению, в непосредственное командование флотом Тихого океана, проявили свойственные вам энергию и распорядительность, отбивая многократные атаки неприятеля брандерами и миноносцами, направленные преимущественно на заграждение выхода из Порт-Артура. Высоко ценя ваши боевые заслуги и в изъявление искренней моей признательности, жалую вас кавалером Императорского ордена Нашего Святого Великомученика и Победоносца Георгия третьей степени, коего знаки при сем препровождая, пребываю к вам навсегда неизменно благосклонный и искренне благодарный Николай".

 Среди своих подчиненных Алексеев пользовался большим уважением и авторитетом — за твердость воли, огромную трудоспособность, прямоту характера, большой государственный ум и ясное понимание сложной политической и стратегической обстановки. К сожалению, все эти положительные качества его были парализованы тем распределением власти на театре войны, которое очевидец событий ее, Теттау, назвал в своих воспоминаниях "своеобразным и не вполне ясным". Русская печать, отмечая в свое время оставление А-вым своего высокого поста, справедливо назвала его "безмолвною жертвой несчастно сложившихся обстоятельств". Справедливо, со своей точки зрения, ценили Алексеева и японцы, чувствуя в нем, видимо, большую моральную силу и зная об его наступательных тенденциях. Состоявший при японской армии английским военным агентом сэр Ян Гамильтон занес в свою "записную книжку штабного офицера" характерное наблюдение: "Японцы ненавидят Алексеева от всей души, но, насколько я мог заметить, видимо, скорее любят Куропаткина". — 8 июня 1905 года состоялось упразднение Наместничества на Дальнем Востоке, и 13 июня того же года Алексеев был назначен членом Государственного Совета с увольнением от должности наместника и с оставлением в звании генерал-адъютанта.